Tłuszcze zawarte w pestkach dyni zaliczają się do pełnowartościowych tłuszczów roślinnych. Około 80% kwasów tłuszczowych to kwasy nienasycone, z czego 50-60% to wielokrotnie nienasycone. Kwasy nienasycone są niezbędne dla organizmu, są niezbędnym elementem do budowy witaminy D, hormonów, a także błon komórkowych.